Το κτίριο του Γυμνασίου Μούδρου είναι κτισμένο σ’ ένα οικόπεδο 4000 τ.μ. Στη βόρεια πλευρά της αυλής υπάρχει γήπεδο μπάσκετ και μικρό γήπεδο ποδοσφαίρου.
Στο ισόγειο βρίσκονται τα γραφεία του διευθυντή και των καθηγητών, κλειστό γυμναστήριο και οι απαραίτητοι βοηθητικοί χώροι. Στο ισόγειο επίσης λειτουργεί η σχολική βιβλιοθήκη.
Στον πρώτο όροφο υπάρχουν 8 ευρύχωρες αίθουσες διδασκαλίας. Σ’ αυτές περιλαμβάνονται μία αίθουσα ξένων γλωσσών, μία αίθουσα Τμημάτων Ένταξης και μία αίθουσα πολλαπλών χρήσεων. Στο πρώτο όροφο βρίσκονται επίσης και τα εργαστήρια φυσικών επιστημών, πληροφορικής και τεχνολογίας. Δύο αίθουσες διδασκαλίας και το εργαστήριο πληροφορικής είναι εξοπλισμένα με διαδραστικούς πίνακες.
Στις λυόμενες αίθουσες που φιλοξενούνταν το ΓΕΛ Μούδρου, λειτουργούν τώρα το κυλικείο του σχολείου, η σχολική έκθεση «Ἐν Ρωσσοπουλίῳ, τῇ 20ῇ Ἰουνίου 1926», και ένα εργαστήριο ξυλουργικών κατασκευών.
Τη σχολική χρονιά 2015-2016 κατασκευάστηκε θερμοκήπιο, στο πλαίσιο του μαθήματος της Τεχνολογίας.
